Una vez realizado una serie de pruebas y testeos, he comprobado que la siguiente configuracion del fichero eclipse.ini , mejora el tiempo de arranque y ejecución considerablemente asi que la comparto:
#poner vuestra ruta al JDK de Java
-vm
C:/Java/jdk1.7.0_51/jre/bin/server/jvm.dll
-startup
plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.3.100.v20150511-1540.jar
–launcher.library
plugins/org.eclipse.equinox.launcher.win32.win32.x86_64_1.1.300.v20150602-1417
-product
org.eclipse.epp.package.jee.product
–launcher.defaultAction
openFile
–launcher.XXMaxPermSize
400M
-showsplash
org.eclipse.platform
–launcher.XXMaxPermSize
400m
–launcher.defaultAction
openFile
–launcher.appendVmargs
-vmargs
-Dosgi.requiredJavaVersion=1.7
-Xms512m
-Xmx1024m
-XX:NewSize=16m
-XX:PermSize=128m
-XX:MaxPermHeapExpansion=20m
-server
-XX:+UseParallelGC
-Xverify:none
Obviamente, depende del equipo que estemos utilizando, en este caso un equipo de ultima generación de sobremesa, con 8GB de RAM, tarda en arrancar unos 3 segundos.